STTIA Nabire lahir pada tanggal 20 Agustus 2005 atas dasar sebuah visi dan misi yang sudah berakar dari induknya yaitu Sekolah Tinggi Thologia Injili Arastamar (SETIA) Jakarta. Berangkat dari situlah STTIA Nabire merupakan bagian pendukung untuk bersama-sama mengerjakan visi dan misi yang di dasarkan oleh prinsip-prinsip Alkitab, terutama untuk menjalankan Amanat Agung Yesus Kristus, “pergilah jadikanlah semua bangsa murid-Ku…..(Matius 28:19-20). Visi dan Misi ini bukan lahir oleh karena sebuah ambisi pribadi semata, tetapi lahir dari sebuah kerinduan dan pergumulan yang panjang oleh pendiri SETIA yaitu, Pdt. Matheus Mangentang, D. Th.
Beliau berkaca pada kenyataan bahwa Gereja semakin melupakan tugas utama dalam pekabaran Injil. Gereja sibuk dengan masalah yang mungkin dibuat sendiri, sehingga Gereja lupa dengan tugas utama sebagai pengikut Kristus dalam pekabaran Injil. Atas dasar tersebut sampai saat ini STTIA Nabire masih bertahan dalam segala keterbatasan yang ada, sambil mempersiapkan segala sesuatu untuk mendukung perkembangan STTIA Nabire. Pada tahun 2011 mendapatkan izin penyelengaraan dari Dirjen Bimas Kristen RI dan di perbaharui pada tahun 2014. Satu tahun setelah mendapat izin penyelenggaraan dari Dirjen Bimas Kristen RI di Jakarta, pada tahun 2015 STTIA Nabire mendapatkan akreditasi dari BAN-PT di Jakarta. Pada tahun 2016 mendapat perpanjangan izin penyelenggaraan dari Dirjen Bimas Kristen RI di Jakarta.